Unité Épidémiologie et appui à la surveillance du laboratoire de Lyon
L’unité conduit des activités de recherche et d’appui à la surveillance dans les domaines de la santé animale, de la santé végétale et de la sécurité de la chaîne alimentaire. Elle est composée d’épidémiologistes, de biostatisticiens, d’informaticiens et d’administrateurs de bases de données, ainsi que d’une secrétaire technique. Des doctorants et des stagiaires de troisième cycle viennent compléter cet effectif.
Activités de surveillance
L’unité assure des missions d’animation et d’appui scientifique et technique à plusieurs dispositifs de surveillance coordonnés par l’Agence :
- Résapath : réseau d'épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales en France ;
- Vigimyc : réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants ;
- Réseau Salmonella : réseau national d'épidémiosurveillance des salmonelles d’origine non humaine sur l'ensemble de la chaîne alimentaire ;
- Resumeq : réseau de surveillance des causes de mortalité des équidés.
L’unité apporte également un appui ponctuel aux missions des laboratoires nationaux de référence dans le domaine de l’épidémiologie et de la surveillance (encéphalopathies spongiformes transmissibles , Xylella, antibiorésistance …). Par ailleurs, l’unité anime un consortium visant à mettre en place un réseau de surveillance de l’antibiorésistance en médecine vétérinaire à l’échelle européenne (EARS-Vet).
L’unité coordonne les plateformes nationales d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA) et en santé végétale (ESV), en collaboration avec la Direction générale de l’alimentation (DGAL) et Inrae (Institut national de recherche pour l’agriculture et l’environnement). Elle anime et contribue à plusieurs groupes de travail de ces plateformes, ainsi que de la plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) et à leurs dispositifs de surveillance via son expertise en épidémiologie, en biostatistiques et en informatique (sites web, applicatifs) :
- plateforme d’épidémiosurveillance santé animale : Observatoire de la mortalité des animaux de rente (OMAR bovins/équidés) et Surveillance de la tuberculose dans la faune sauvage (Sylvatub) ;
- plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire : Optimisation nationale des dispositifs d’épidémiosurveillance de Salmonella (ONDES) et Qualité des données des plans de surveillance – plans de contrôle, animation du réseau d’acteurs (Qualiplan) ;
- plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale : surveillance de Xylella fastidiosa (dont application Shiny) et contribution à l’édition des Bilans sanitaires et des fiches de reconnaissance des organismes nuisibles réglementés ou émergents ;
L’unité participe à la veille sanitaire nationale et internationale sur les dangers sanitaires majeurs des trois domaines et édite des bulletins dédiés (ESA, ESV, SCA). Elle contribue également au groupe de suivi inter-plateformes dédié à la qualité des données en surveillance et participe à l’élaboration et à l’évolution des méthodologies d’évaluation des systèmes de surveillance (méthode Oasis et autres types d’évaluation).
Dans le cadre de l’appui au ministère en charge de l’Agriculture et aux instances internationales, l’unité coordonne la rédaction et l’édition du Bulletin Epidémiologique Santé animale - Alimentation porté par la DGAL et l’Anses. Elle traite, analyse et transmet les données nationales de surveillance des zoonoses et de l’antibiorésistance à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa). Enfin, elle appuie les actions de l’Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) et de ses États membres dans le cadre du mandat de l’Anses de Centre de référence FAO pour l’antibiorésistance.
Activités de recherche
Les activités de recherche de l’unité ont pour finalité d’améliorer les méthodes de surveillance épidémiologique et de mieux comprendre les déterminants de l’état de santé des populations, dans les domaines de la santé animale, de l’antibiorésistance, de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé végétale. Ces activités sont réalisées dans le cadre de programmes de financement nationaux ou européens. Elles portent sur cinq domaines : épidémiologie de l’antibiorésistance, épidémiologie descriptive, surveillance syndromique, évaluation et amélioration des dispositifs de surveillance et évaluation du risque. L’unité initie également des travaux d’évaluation de l’apport des méthodes de séquençage haut débit (WGS) dans l’amélioration de la surveillance.
Principaux projets de recherche en cours ou récents
NOWCASTING (2023-2024)
Nowcasting to estimate animal disease incidence based on reported outbreaks
Financement : CoVetLab
Disposer de données précises sur l'occurrence d’une maladie dans les zones infectées est essentiel pour les évaluations des risques d'introduction de la maladie. Cependant, s'il existe de multiples sources, ces données sont souvent incomplètes, tardives ou même absentes. Ce projet vise à explorer l'utilisation de techniques analytiques, telles que la prévision immédiate (nowcasting), pour mieux prédire l'incidence réelle des maladies dans les régions touchées à partir des bases de données disponibles, et à proposer une méthodologie pour la prédiction en temps réel de l'incidence des maladies animales.
ENVIRE (2021-2024)
Évaluation de l'efficacité d'interventions individuelles et groupées pour améliorer le contrôle de la diffusion d'antibiorésistance à partir des volailles via l'environnement
Financement : Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance HARISSA (initiative européenne de programmation conjointe sur l’antibiorésistance – Agence nationale pour la recherche)
Le projet Envire a pour finalité de réduire la diffusion de l’antibiorésistance dans les élevages de volailles et dans l’environnement, afin de réduire les risques pour l’Homme. L’impact de différents types d’interventions en élevage sera évalué : élevage sans antibiotique, vaccination contre E. coli, utilisation de bactériophages et de la phytothérapie comme alternative aux antibiotiques, traitement des effluents d’élevage. Cinq pays européens et la Tunisie participent au projet, qui comportera des études expérimentales et des études sur le terrain. L’unité développera un modèle d’analyse quantitative des risques de contamination de l’Homme via l’alimentation et l’activité professionnelle.
REACTOSURV (2021-2024)
Réactovigilance en santé animale en France : état des lieux et pistes d’évolution
Financement : Anses-GDS France
Cette thèse comprend une évaluation du système de surveillance des dérives de réactifs de laboratoire (défauts de sensibilité, de spécificité…) en filière ruminants en France et étudie la faisabilité d’un dispositif complémentaire de suivi en temps-réel, via le développement et l’application de méthodes de modélisation et d’analyse de séries temporelles à des fins de détection d’anomalies.
COVRIN (2021-2023)
One Health research integration on SARS-CoV-2 emergence, risk assessment and preparedness
Financement : EJP One Health
Les objectifs du projet sont d’identifier les déterminants de l’émergence et de la diffusion du SARS-CoV2 et de développer des modèles d’évaluation du risque sur ce virus. L’unité est impliquée dans le volet consacré à la surveillance et à l’évaluation du risque (interface animal-Homme), plus particulièrement sur l’intégration des activités de surveillance et la cartographie des données de surveillance : comparaison des activités de surveillance entre pays, identification des partenaires clés en vue d’une surveillance intégrée.
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Surv1Health (2020-2023)
La surveillance de l’antibiorésistance en France : un système One Health ?
Financement : plans EcoAntibio (DGAL)
L’objectif est de cartographier les dispositifs de surveillance de l’antibiorésistance mis en place dans les différents secteurs (santé humaine, santé animale et environnement), d’évaluer les collaborations entre ces dispositifs ainsi que les freins et les motivations à leur mise en place, et d’identifier des pistes d’amélioration dans une perspective de surveillance intégrée. L’outil d’évaluation des collaborations ECoSur est utilisé.
MOOD et DELSSA (2020-2023)
Monitoring outbreak events for disease surveillance in a data science context
Deep learning pour la surveillance en santé animale
Financement : programme Horizon 2020
Le projet européen Mood a pour objectif de mobiliser les techniques récentes d’analyse et de visualisation de données, dont le big data, pour améliorer la surveillance des maladies (ré)émergentes, l’analyse et la gestion de risque. Des outils sont développés à destination de différents types d’utilisateurs (grand public, gestionnaires et évaluateurs de risque, etc.) pour le suivi des tendances et des anomalies, la cartographie du risque et l’accès aux résultats de modèles de diffusion des maladies. Dans l’un des volets ( DELSSA ), l’unité évalue l’intérêt des méthodes d’intelligence artificielle (Deep learning) pour identifier des phénomènes sanitaires émergents et quantifier l’impact de menaces potentielles sur la santé humaine ou animale, et proposera une méthode pour la détection spatio-temporelle des anomalies.
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MATRIX (2020-2022)
Connecting dimensions in one-health surveillance
Financement : EJP One Health
Le projet européen Matrix cherche à caractériser et à évaluer la surveillance intégrée, comprenant la santé humaine, la santé animale et l’environnement (approche One Health). L’unité a contribué au développement de l’outil OH-EpiCap qui permet de décrire et d’évaluer l’organisation, le fonctionnement des activités opérationnelles et l’impact de la surveillance intégrée, afin de définir des bonnes pratiques en matière de surveillance One Health.
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OMAR (depuis 2013)
Observatoire de la mortalité des animaux de rente (bovins, équidés)
Financement : Direction générale de l’alimentation, GDS France, Anses
Le projet Omar est une illustration des travaux de recherche de l’unité sur la surveillance syndromique (suivi en continu d’un ou plusieurs indicateurs non spécifiques du danger surveillé, permettant d’assurer sa détection précoce et d’évaluer le risque sanitaire associé), qui ont été menés jusqu’à leur passage à un stade opérationnel (preuve de concept). Plusieurs thèses d’université ont été conduites sur la surveillance syndromique, dont une spécifiquement sur le projet Omar. Celle-ci a permis de modéliser les données de mortalité bovine et de développer des modèles de détection d’anomalies spatiales et/ou temporelles, à partir des données d’équarrissage et de traçabilité des mouvements de bovins. Deux autres thèses ont étudié la faisabilité de modèles de surveillance syndromique fondés sur les données d’abattoir et de reproduction bovine. Ces études ont aussi permis de définir une typologie des élevages bovins et de lancer une thèse sur l’évaluation de l’impact du choix d’agrégation spatiale et temporelle des données sur les modèles de surveillance syndromique (Ustenssyle, 2019-2022). Les travaux ont été étendus plus récemment à la filière équine.